提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
智齿到底要不要拔?******
广州日报讯 (全媒体记者张青梅 通讯员于洋、刘琪莎)很多人都有智齿,长了智齿要不要拔?哪些情况需要拔?广州医科大学附属市八医院口腔科主任钟凡表示,四种情况需要拔除。
据介绍,智齿位于口腔内最里面,从大门牙往里数第八颗。它的个数和萌出情况因人而异,大多数人有上下左右对称的4颗牙,但有些人的智齿少于4颗甚至没有,很少人有多于4颗的智齿。它们通常在人18岁-23岁时萌出,而有些则只能部分萌出或完全不能萌出。
由于我们吃的食物越来越精细,导致容纳牙齿的下颌骨出现不同程度的退化,无法为智齿的萌出提供足够的空间。为了萌出,没有生长空间的智齿会错位阻生、异位萌出。
有些人的智齿因为萌出位置够,所以会正位长出来并像其他牙齿一样建立咬合,用起来像其他牙一样,这样的智齿可以保留。
有些人的智齿可能一生都不会萌出,也没有引起其他症状,这样的智齿我们只能花费时间去观察,可以暂不处理。
但是出现以下四种情况要重视——
冠周炎及间隙感染
阻生的智齿未完全萌出,与覆盖的牙龈之间形成空隙,藏污纳垢不易清洁。
当身体抵抗力低下时会导致牙龈发炎、流脓,严重炎症会流向各个间隙导致疼痛、面部肿胀,此时需要先消炎,待炎症消除后再拔除“惹祸”的智齿。
龋病、牙髓炎或牙周炎
没有位置优势的智齿自身容易发生蛀牙并进展为牙髓炎导致剧烈疼痛。
智齿向前倾斜萌出,与前面的大牙形成空隙导致食物嵌塞,从而导致大牙龋坏、牙髓炎及牙周炎。
此外智齿向前倾斜萌出的力量可能导致前面大牙的牙根吸收,这些情况最终导致牙齿损坏甚至不能保留。当有这种情况发生时,智齿需要拔除。
牙列拥挤
为了争夺萌出空间,智齿通常会挤压前面的牙齿,从而导致牙列不齐,牙列拥挤,影响美观。
而且智齿的萌出会导致牙列拥挤的复发,影响正畸治疗的效果。为此,通常需要拔除多余的智齿,以纠正牙列拥挤。
其他疾病
有时智齿形成异常的咬合状态,会引起颞下颌关节紊乱病。
此外由于反复发作的智齿冠周炎,可能会引起颌骨骨髓炎,导致骨头缺损。
而且,由于智齿周围天生存在一层“外衣”,这层“外衣”会因为外界的刺激从而出现颌骨囊性病变,这些都会给人们带来不适及生活的不便。
为此,如果出现上述情况,需及时就医并对症治疗。